站在煤炭工业“十二五”及长远发展战略的高度，我国煤炭行业还面临着诸多矛盾和问题：
一是煤炭资源保障程度低，资源供应面临潜在风险。我国大型整装煤田主要集中在晋陕蒙宁和新疆地区，其他大部分产煤地区资源赋存条件较差。煤炭资源开发越来越向晋陕蒙宁等西部地区集中，煤炭调出区与主要消费区的距离增加；原来一些煤炭调出省逐渐转为煤炭调入省，全国煤炭安全稳定供应保障的难度加大。特别是要关注进入“十三五”以后，全国煤炭需求量在40亿吨以上再逐年增长，在这种情况下的煤炭资源保障问题。
二是矿井数量多，产业布局趋同，非煤产值效益低，结构调整面临挑战。我国小型煤矿数量多，生产集中度低。目前全国30万吨以下的小型煤矿有1.2万多处，占全国煤矿总数的80％以上。开采深度增加，煤炭生产风险增加。目前全国已经有千米深井39处（其中，山东24处、江苏5处、辽宁7处、河北2处、安徽1处），最深的达到1450米。煤矿深部开采面临的冲击地压、地热、高承压水、瓦斯等自然灾害与职业健康问题。在煤化工产业发展进程中，也存在“逢煤必化”、“以煤养化”、重复建设、产能过剩的问题
三是煤炭生产消费持续大幅增长，环境问题凸显，生态环境约束强化。目前全国煤矿采空区土地塌陷累计达100万公顷左右，每年新增采空区6万公顷左右；煤矸石堆积占用大量土地，并造成严重土壤污染；二氧化硫、氮氧化物和有害重金属排放不断增加，酸雨面积达120万平方公里。由于我国持续快速的煤炭消费增长，温室气体排放居高不下，面临着更加严峻的国际社会舆论压力。